Piątka genialnych przyjaciół dokonuje przełomowych odkryć na przestrzeni lat. Rozwikływanie praw nauki prowadzi w końcu do wykrycia śmiertelnego zagrożenia. Serial jest adaptacją bestsellerowej powieści Liu Cixina, za którą odpowiedzialni są twórcy Gry o Tron.
Serial Problem trzech ciał opowiada historię Ye Wenjie, astrofizyczki będącej świadkiem brutalnego morderstwa jej ojca w czasie chińskiej rewolucji kulturalnej. Zesłana do kolonii karnej, otrzymuje propozycję od chińskiego rządu, aby wziąć udział w tajnym projekcie kosmicznym. Po latach pracy, wysyła komunikat w kosmos, na który otrzymuje przerażającą odpowiedź. Współcześnie, grupa młodych naukowców dowiaduje się o zagadkowych śmierciach ich kolegów po fachu. Kiedy jedna z nich zaczyna widzieć tajemniczy zegar odliczający czas, nikt inny nie jest w stanie go zauważyć. Obawiając się, że stanie się kolejną ofiarą, próbuje rozwikłać zagadkę wspólnie z detektywem Da Shi. Dochodzenie prowadzi ich daleko poza granice naszej planety, odkrywając niezwykłe, tajemnicze zjawiska.